Peradaban Ke-Indonesiaan yang kemudian hendak dibentuk oleh NU adalah peradaban kebangsaan yang dilandasi oleh moral keagamaan (Islam). Nilai-nilai Islam memberikan inspirasi dan sekaligus menggerakkan kehidupan kebangsaan Indonesia, meskipun demikian hal tersebut tidaklah diletakkan untuk mendirikan negara agama, melainkan negara beragama. NU sadar bahwa realitas empirik kebangsaan Indonesia adalah kebangsaan yang plural. Yakni kebangsaan yang dibangun dengan mensinergikan secara adil suku bangsa yang berbeda dan agama yang berlainan, bahkan paham agama yang berlainan pula.